בספר הצופן הקבוצתי צולל דניאל קויל אל נבכי כמה מהארגונים המצליחים ביותר בעולם – בהם צוות 6 של "אריות הים" של צבא ארצות הברית, IDEO ענק העיצוב הבינלאומי, וקבוצת הכדורסל המבריקה "סן אנטוניו ספרס" – ומגלה מה מניע אותם. הוא מפזר את המסתורין מתהליך בניית התרבות הקבוצתית על ידי זיהוי שלוש מיומנויות מרכזיות שיוצרות לכידות ושיתוף פעולה: יצירת בטחון, שיתוף בפגיעות, וגיבוש מטרה.
בעזרת דוגמאות שנעות מקמעונאית הנעליים האינטרנטית המובילה "זאפוס" ועד כנופיית גנבי תכשיטים נועזת, מציע קויל אסטרטגיות ספציפיות שמעוררות למידה, מתניעות שיתוף פעולה, בונות אמון ומעודדות שינוי חיובי. קויל חושף סיפורי הצלחה וכישלון, מנתח ומטפל במכשולים נפוצים ומשתף את הקורא בעצות לתיקון תרבות רעילה. הצופן הקבוצתי משלב מדע פורץ דרך, תובנות מעשיות של מנהיגים עולמיים מהשורה הראשונה ורעיונות מעשיים לפעולה, ומציע מפת דרכים ליצירת סביבה שבה החדשנות פורחת, בעיות נפתרות וציפיות מתממשות.
אל הספר