מבנה הספר איננו מגובש עד תום. החלק הראשון הוא כעין מבוא, ובו 32 'נתיבי החכמה אשר על פיהם נטה אונקלוס בתרגומו מעל לשון המקרא'. החלק השני הוא ליבו של הספר ובו 450 הערות, מתוך אינספור גירסאות שונות, שאותן הגדיר שד"ל עצמו כמרכזיות, וכראויות להיחקר. 434 מתוכן הן הערות שמצא בדפוסים עתיקים, בעיקר בעשרה חומשים שאותם מונה שד"ל. הוא אף מציין ש- 434 חילופי הנוסחאות שהוא מציע הן "כפליים בחשבון אוהב גר". עוד 16 הערות הוא מוסיף "אשר ליבי אומר לי שהיה ראוי להגיה בתרגום אונקלוס, מבלי שיהיה לי בהן סיוע משום ספר, לא בדפוס ולא בכתיבת יד". כלומר, שינויים שלא מצא להם סימוכין בספרים אחרים, אך הוא משוכנע שהם היו במקור. בסיומו אומר שד"ל: "ועם זה נשלמו 450 הערות אשר עזרני ה' לסדר לפני כל חכם לב, וסימנן 'תן לחכם ויחכם עוד' ".
אל הספר