אף מעיון ראשוני בחיבוריו של רצ”ה , ובעיקר בעטרת צבי , ברורה החשיבות הרבה שמייחס רצ”ה לתורת השמות והאותיות . פעמים נראה כי תשומת הלב היתרה שהוא מעניק לנושא השמות והיחודים באה על חשבון מיעוט העיסוק בנושאים רוחביים המצויים בזוהר . בהתייחסו לקורפוס המכונה ‘ כתבי , ’י”האר מתייחס רצ”ה בעיקר לשלושה חיבורים עיקריים : עץ חיים , זוהר הרקיע , וכן פרי עץ חיים . בעיני רצ”ה , חשיבות מיוחדת נודעת לחיבור שלישי זה , והוא עושה בו שימוש רב . רצ”ה עוסק בפרי עץ חיים במישרין בחיבורו פרי קודש הלולים , והוא מצטט אותו פעמים רבות בתוך עטרת צבי . נראה כי להבנתו אופן הפיתוח של כוונות ויחודי התפילה , שהן תכולתו של פרי עץ חיים , היא הדרך שעל פיה ניתן להגיע אל עומק הפירוש במאמרי הזוהר . השלב הזה כרוך בסגירת המעגל בין תורת הכוונות לבין הזוהר , מתוך מטרה לפענח בתוך ספר הזוהר את שכבת הכוונות והיחודים המצויה מתחת לפני השטח . כדוגמה לכך נציג פירוש אופייני של רצ”ה למאמר זוהרי , ובו דגש על יחוד השמות המצוי ברקע הסיפור . מדובר בפירושו של רצ”ה על “ רזא : ”דחכמתא ... אזלי , כד מטו לגבי דרבי שמעון אמרו מילה ושאילו שאילתא , אמר...
אל הספר