לאחר מלחמת ששת הימים נחשף שטח הרובע היהודי למחקר ארכאולוגי. בעיר שנבנתה שכבה על גבי שכבה נותרו רק שרידים מועטים מהתקופה החשמונאית. שרידים אלו לעתים דבוקים ומורבצים על שריד תקופות קדומות, ולעתים שקועים מתחת למבנים המייצגים את שלהי ימי הבית־השני