4 מכלול המזבח לפני החפירה.עם תחילת החפירה נמצאו במקום אלפי שברי חרס מראשית תקופת ההתנחלות הישראלית (המאה ה־13 לפנה"ס‭,(‬מפוזרים בין האבנים.הסתבר כי אנשי האתר קברו אותו בשכבת אבנים לפני נטישתו. קבורה פולחנית זו נועדה למנוע את חילולו של האתר העזוב.ייתכן שהסיבות לנטישתו של המזבח בהר עיבל היו קשורות בהקמת האתר המקודש בשילה ותזוזת מרכז הכובד הלאומי ממנשה בצפון לאפרים במרכז.