ספר ישעיה הוא ראשון לספרי נביאים אחרונים , והוא קודם לספרי ירמיה , יחזקאל ותרי עשר . כך הוא בא בכל דפוסי המקרא בעברית , וכן בכתבי יד מסורתיים ספרדיים . אף בתרגום השבעים מקומו לפני ירמיה ויחזקאל , אך שם קודם לו קובץ תרי עשר . מטעם בלתי ידוע מנו חז '' ל את ישעיה אחרי ירמיה ויחזקאל ברשימת ספרי המקרא שהובאה בבבא בתרא יד , ב , וזהו גם הסדר בכתבי יד אשכנזיים וצרפתיים . ? ספר ישעיה נחלק בבירור לשני חלקים : א-לט ; מ-סו . רק החלק הראשון כולל נבואות של ישעיהו בן אמוץ , ואילו בחלק השני הנבואות אנונימיות , והן נתחברו כמאתיים שנה לאחר זמנו של ישעיהו בן אמוץ . חלק זה של הספר מכונה "ישעיהו השני , " וזה מכבר הכירו לדעת , שאין לייחסו לבן אמוץ . כך , למשל , כותב הפרשן אברהם אבן עזרא , בן מאה י"ב לסה"נ , בפירושו לפרק מ , א , כי "נדבקה זאת הפרשה . " הוא מציין , שלא כל ספרי הנבואה נכתבו בשלמותם על ידי מי ששמו נקרא עליהם , ברמזו בכך גם לספר ישעיה . [ יה"פ ]
אל הספר