תוכנית המנזר סביב הפנסיה הצפונית של ניצנה (על שם הקדושים סרגיוס ובבחוס‭.(‬החדרים שבמזרח (למעלה) ובצפון (משמאל) בנויים במיפלסים נמוכים ממיפלס הבנסיה. מכלול הכנסיה והמנזר נבנה על גבי האקרופוליס של היישוב לעד המצודה (כמה מחדריה נראים מדרום‭.(‬ אי נגב. שם, עמי 9ו, על־פי: ‭H.D. Coll (ed.). Nessana. 1. PI. 1,\111‬