הצלבנים הותירו את הכנםיה הקודמת באתרה אך ערכו בה שינויים אחדים. באולם הרוטונדה הוסרה האפסים ממזרח ותחתה נבנתה קשת גדולה ‭1 )‬א‭,(‬ שהוליכה מזרחה לכנסיה חדשה שהקימו בחצר הביניים, היא אולם המקהלה ‭.(2)‬ הקבר עוצב מחדש וצורתו המתומנת פינתה מקומה לאדיקולה משושה ‭.(1 )‬ בפרוזדור המזרחי הוקמו 3 קאפלות חדשות ‭.(3)‬ גרם מדרגות הוליך משם למעלה - למגורי הקאנוניקים ‭,(5)‬ וגרם מדרגות נוסף, לקאפלח הלנה שמתחתה ‭.(4)‬ מדרום הוקמה חזית נאה ‭(7)‬ עם גישה ישירה לגולגותא, שנסתיימה בפורטיקו אלגנטית, ומגדל פעמונים