פ י ר ו ש 'מ דרש ח כ מ י ם' ע ל ה תור ה [ 54 ] הוא מבאר שמרים ואהרן הסתמכו על מאמר חז"ל במסכת קידושין ( מא ע"א ) : 'אסור לו לאדם לישא אשה עד שיראנה', כשהסיקו שמשה לא פרש מאשתו בגלל היותה כושית ( שהרי ראה אותה לפני שנשאה ) אלא בגלל נבואתו . מהלכים דומים מופיעים 196 עוד פעמים רבות לאורך הפירוש . בעל מדרש חכמים נזהר שלא למתוח ביקורת על דברי חז"ל . דוגמה בולטת לכך בהשלמות שהוסיף על דברי ראב"ע בפרשת יתרו, בפירוש הבדלי הנוסח של עשרת הדברות בין שמות לדברים : למה לא הזכירו רז"ל זה הפלא ( שבני ישראל שמעו את זכור ושמור בבת אחת ) . . . וגם מה נעשה בקושיות הנשארות משינוי הפסוקים . ולא הקשיתי לשאול, חלילה חלילה שאומ' שחכמינו ז"ל לא דברו נכונה, אבל דעתנו קלה מאד נגד דעתם, והם אמת ודבריהם אמת אלא שאינם מובנים כמשמעם . האזהרה שלא להקשות יותר מדי וההדגשה הכפולה על אמיתות דבריהם הן תוספות על הפירוש המקורי של ראב"ע, והן מעידות על רגישותו הרבה של בעל מדרש חכמים לכבודם של חז"ל . עם זאת, פירושיו אינם הולכים שבי אחרי חז"ל, והוא בורר לו את המדרשים המתאימים לפירושיו וגם מרשה לעצמו לעבד אותם, לשנות 197 לעתים הו...
אל הספר