מהר"ל והמשפט הטבעי 179 ומה יעשה האמון בחיק האדמה בראותו חכמה ? תפתהו בערמה במופתיים טבעיים . . . באמת אי אפשר להתקבץ שני הפכים ביחד בזמן אחד . . . וכן כל 275 המופתים בתורה שהם נמנעים בטבע . הנטייה לחכמת הטבע נתפשה כנובעת מחומריותו של האדם אשר בעפר יסודו ; אדם הלומד ברגילות פילוסופיה יבוא לראות בטבע את חזות הכול וסופו שיכפור בתורת משה . אולם תיאוריהם של מתנגדי הפילוסופיה את חכמת הטבע וחכמת התורה כ'שני הפכים' שלא יתקבצו יחד בזמן אחד, לא היו מכוונים בשלב זה להנגדה ישותית ושיטתית בין הטבע לבין התורה ( כפי זו שפותחה על ידי מהר"ל ) , אלא לסתירה שבין לימוד הטבע, המסתתר מאחורי מסווה של רציונליות צרופה, לבין לימוד התורה הבאה במסירה ובקבלה שאינה מתיישבת בהכרח עם 'מופתיים טבעיים' . במקרים בהם השכל הטבעי, המעמיד כל דבר 'על טבעו', אינו עולה בקנה אחד עם דרכי התורה הבאה בקבלה אין אפוא להביאו בחשבון . הסתירה בין דרכי התורה ודרכים טבעיות נובעת משינוי מהותי בין הטבע לבין תכני ההתגלות - 'אין התורה טבעית אלא קבלה', ומכך ששתי הדרכים כמוהן כ'שני הפכים הם צרות זו לזו' ; אשר על כן כל הנכנס בעבי החכמה הטבעית '...
אל הספר