איור .1 מערכת השעון הפנימי מורכבת משלושה חלקים עיקריים: (א) אותות שמזינים מידע לשעון דוגמת אור וטמפרטורה. (ב) השעון המרכזי, המתנד, (oscillator) המורכב מלולאות היזון חוזר שיוצרות קצב בן 24 שעות בביטוי גני וחלבוני. (ג) תוצרי השעון המרכזי אשר גם נשלטים על ידו ומייצרים קצב בן 24 שעות. התוצרים כוללים בתוכם מגוון רחב מאוד של התנהגויות וביטוי גנים רחב ושונה בין מגוון אורגניזמים.